Sudoku uppfanns i USA i slutet av 1970-talet, men vann då ingen popularitet. På 1980-talet introducerades det i Japan där det också fick sitt namn, ursprungligen suuji wa dokushin ni kaguru ("en siffra som måste förbli utan par"), vilket kortades till su doku ("ensam siffra"). Det fick en ny blomstringsperiod i Storbritannien 2005, till stor del därför att nyzeeländaren Wayne Gould konstruerade ett datorprogram som snabbt genererar nya pussel.

Den 2 juni 2005 började Sydsvenska Dagbladet och Svenska Dagbladet som första svenska tidningar publicera ett sudoku om dagen. I dag har de flesta svenska tidningar ett dagligt sudoku och det finns en rad specialtidskrifter som främst ägnar sig åt sudoku. Dessutom finns ett relativt stort antal sudokuböcker.

Populariteten i Japan och Storbritannien kan förklaras av att båda länderna har en mycket lång tradition för logiska spel, men det har ännu inte framkommit någon sociologisk förklaring till att sudoku blivit en sådan succé i Sverige.